A Base Aérea de Florianópolis (BAFL) é mais antiga que a própria Força Aérea Brasileira: remonta a 10 de maio de 1923, como um Centro de Aviação Naval. Em 1941, foi passada à então recém-criada FAB. Em janeiro, porém, a BAFL retornou às origens e recebeu aeronaves da Marinha do Brasil.
Um AF-1 e um AF-1A, respectivamente um A-4 Skyhawk monoplace e um biplace, ambos do Primeiro Esquadrão de Aviões de Interceptação e Ataque (VF-1), sediado na Base Aeronaval de São Pedro da Aldeia (RJ), utilizaram a Base Aérea de Florianópolis durante 19 dias para atuarem durante o exercício chamado de Aspirantex. O papel dos caças foi tanto treinar a defesa aérea da frota quanto atuar como aeronaves atacantes.
A FAB também participou da Aspirantex com um P-95M Bandeirante Patrulha, um P-3AM Orion e dois caças A-1.
Há o planejamento de em breve a Marinha do Brasil ter um par de helicópteros UH-15 Super Cougar permanentemente sediados em Florianópolis.
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